Με στόχο την έγκαιρη διάγνωση κρουσμάτων Κλασικής Πανώλης και Φυσαλιδώδους Νόσου των χοίρων πραγματοποιείται το πρόγραμμα επιτήρησης που αποφάσισε το υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων. Παράλληλα, στόχος είναι η διατήρηση του καθεστώτος ως «επίσημα απαλλαγμένου από την κλασική πανώλη των χοίρων κράτους μέλους της ΕΕ».
Οι παραπάνω στόχοι επιτυγχάνονται τόσο με τη διαρκή ενημέρωση και εγρήγορση των κατόχων/ιδιοκτητών ζώων χοιροτροφικών εκμεταλλεύσεων και όλων των εμπλεκόμενων Κτηνιατρικών Αρχών και Φορέων, όσο και με τη διατήρηση της τεχνογνωσίας των Κτηνιατρικών Εργαστηρίων, όσον αφορά στις μεθόδους και τεχνικές διάγνωσης της Κλασικής Πανώλης των Χοίρων (ΚΠΧ) και της Φυσαλιδώδους Νόσου των Χοίρων (ΦΝΧ), με σκοπό την γρήγορη και αξιόπιστη εξαγωγή αποτελεσμάτων.
Το Πρόγραμμα εφαρμόζεται:
α) σε όλους τους άγριους χοίρους, ελεύθερους και σταβλισμένους, οι οποίοι σφάζονται σε ολόκληρη την ελληνική επικράτεια και
β) στα παχυνόμενα χοιρινά των χοιροτροφικών εκμεταλλεύσεων που σφάζονται στα σφαγεία.
Χώροι εφαρμογής του προγράμματος
-Οι εκμεταλλεύσεις
Το Πρόγραμμα εφαρμόζεται σε όλες τις χοιροτροφικές εκτροφές, συμβατικές και βιολογικές, και σε όλες τις Περιφερειακές Ενότητες της χώρας.
Η Κεντρική Αρμόδια Αρχή διαθέτει στοιχεία του αριθμού των χοιροτροφικών εκμεταλλεύσεων σε κάθε Περιφερειακή Ενότητα της χώρας και των δειγμάτων που πρέπει να ληφθούν, προκειμένου να επιτυγχάνεται επαρκής επιτήρηση για το νόσημα στο σύνολο της επικράτειας. Οι στόχοι της επιτήρησης θα κοινοποιούνται στις Περιφερειακές Ενότητες με ηλεκτρονική αλληλογραφία στην αρχή κάθε έτους. Η υλοποίηση των στόχων του Προγράμματος αποτελεί υποχρέωση των Κτηνιατρικών Αρχών της χώρας σε ευρωπαϊκό και διεθνές επίπεδο για την ομαλή διακίνηση χοιρινών και των προϊόντων τους.
Ο αριθμός των δειγμάτων που λαμβάνονται από κάθε εκμετάλλευση από ζώα αναπαραγωγής (χοιρομητέρες και κάπροι) είναι ανάλογος του αριθμού των εκτρεφόμενων χοιρομητέρων και κάπρων και προσδιορίζεται βάσει των Πινάκων 1 και 2: 
Οι Συνοριακοί Σταθμοί Κτηνιατρικών Ελέγχων (ΣΥ.Κ.Ε.) διενεργούν δειγματοληψίες στα εισαγόμενα από τρίτες χώρες ζώα.
-Τα σφαγεία.
